Le projet développé vise à appréhender comment les voies de signalisation de la lumière contrôlent une modulation des réponse développementales et de l'architecture nucléaire chez la plante Arabidopsis thaliana. Le projet implique une combinaison d'approches de biologie moléculaire et d’épigénomique afin de caractériser les régions génomiques concernées par ce type de contrôle, les différents acteurs moléculaires impliqués (en particulier les facteurs DET1, COP1, et TOR), et les conséquences de changements chromatiniens sur l'expression des gènes cibles et le régime transcriptionnel des cellules.
Activités principales :
La période d’apprentissage comprend quatre phases, qui pourront être partiellement chevauchantes. La première phase d’apprentissage vise à l’acquisition de compétences techniques permettant l’initiation du projet : préparation de milieu de culture stérile, stérilisation et culture in vitro d’Arabidopsis thaliana, méthodologie ChIP (extraction de chromatine, immunoprecipitation), génération de banques d’ADN des ChIP pour séquençage haut débit à lecture courte (NGS). La seconde phase consistera à mettre ajuster les méthodologies ChIP et CUT&TAG pour profiler le paysage chromatinien des facteurs DET1, COP1 et TOR : test d’anticorps commerciaux ou « homemade », expériences pilotes de ChIPs sur échantillons obtenus en condition de culture standard pour définir empiriquement les paramètres les plus appropriés (fixation, dilution d’anticorps) et test par PCR quantitative. Une fois ces paramètres définis pour chaque facteur étudié, la troisième phase a pour objectif d’obtention les profilages chromatiniens des facteurs DET1, COP1 et TOR par ChIPseq / CUT&TAG dans les feuilles embryonnaires d’A. thaliana exposée à différentes conditions de lumière ou inhibiteurs métaboliques. Chaque profilage sera effectué en parallèle sur des lignées contrôle (mutants det1-1, cop1-4, tor-es ou plantes sauvage dans le cas de lignées taguées) afin de vérifier la spécificité des résultats obtenus. Toutes les lignées sont déjà disponibles dans l’équipe. Enfin, au cours de la seconde année d’apprentissage, l’étudiant(e) mènera en parallèle la mise au point de l’approche MNase-seq pour identifier les effets de DET1, COP1 et TOR sur le remodelage et l’accessibilité de la chromatine, et les relier aux dynamiques de régulation des gènes.
Codes ROME : A1505
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