« J'ai eu une angine carabinée en novembre, trois jours d'arrêt. À la fin du mois, il manquait presque 90 € sur ma paie et personne au CFA n'a su m'expliquer pourquoi. » Cette situation, courante chez les apprentis, résume parfaitement la zone grise : tout le monde sait qu'un alternant malade doit envoyer un arrêt, presque personne ne sait ce qu'il touche réellement — ni ce qui se passe côté formation.
En résumé : un alternant est un salarié, donc son arrêt maladie suit le régime de droit commun. Il doit transmettre les volets 1 et 2 de l'avis d'arrêt de travail à sa CPAM et le volet 3 à son employeur dans les 48 heures (article R. 321-2 du Code de la sécurité sociale), et prévenir également son CFA — l'absence en formation est une absence comme une autre, qui doit être justifiée. Côté argent, l'Assurance maladie applique un délai de carence de 3 jours : les indemnités journalières (IJ) ne démarrent qu'au 4ᵉ jour, à hauteur d'environ 50 % du salaire journalier de base. Mais la loi de mensualisation (article L. 1226-1 du Code du travail) impose à l'employeur, dès 1 an d'ancienneté, un complément portant la rémunération à 90 % du brut pendant 30 jours — et de nombreuses conventions collectives suppriment la carence et vont jusqu'à 100 % dès le premier jour. Sur un salaire d'apprenti déjà modeste, l'écart entre ces deux situations est décisif : la première chose à faire est de lire sa convention collective. Enfin, en cas d'accident du travail ou de trajet — y compris sur le trajet CFA–entreprise — il n'y a aucune carence et les IJ sont plus élevées.
Un alternant a-t-il droit à un arrêt maladie comme les autres salariés ?
Oui, et sans condition particulière liée au statut. Le contrat d'apprentissage et le contrat de professionnalisation sont des contrats de travail : l'apprenti relève du régime général de la Sécurité sociale et cotise à l'assurance maladie comme n'importe quel salarié. L'article L. 6222-23 du Code du travail rappelle que l'apprenti bénéficie des dispositions applicables à l'ensemble des salariés, dès lors qu'elles ne contredisent pas les règles propres aux jeunes travailleurs.
Concrètement, cela signifie trois choses :
- vous pouvez être arrêté par un médecin exactement comme un salarié classique, y compris pendant une semaine de cours en CFA ;
- votre contrat est suspendu pendant l'arrêt, il n'est pas rompu ni raccourci automatiquement ;
- vous pouvez percevoir des indemnités journalières de l'Assurance maladie si vous remplissez les conditions d'ouverture de droits.
Le point qui surprend beaucoup d'alternants : l'arrêt couvre aussi le temps de formation. Un arrêt de travail n'est pas un « arrêt entreprise ». Si le médecin vous arrête du lundi au vendredi et que vous êtes en CFA cette semaine-là, vous ne devez pas assister aux cours. L'inverse est tout aussi vrai : il n'existe pas de « demi-arrêt » qui vous dispenserait de l'entreprise tout en vous laissant aller en cours.
À retenir : l'arrêt de travail suspend l'ensemble des obligations du contrat — présence en entreprise et présence en centre de formation.
Quelles démarches faire, et dans quel délai ?
Le calendrier est serré, et c'est là que la majorité des pertes de revenu se produisent. Un arrêt transmis en retard peut être sanctionné financièrement par la CPAM (réduction des indemnités pouvant aller jusqu'à 50 % pour la période de retard, en cas de récidive dans les 24 mois).
Les 48 heures qui comptent
| Destinataire | Document | Délai |
|---|---|---|
| CPAM (ou télétransmission par le médecin) | Volets 1 et 2 | 48 heures |
| Employeur | Volet 3 | 48 heures |
| CFA / organisme de formation | Copie ou justificatif d'absence | Immédiatement, selon le règlement intérieur |
Depuis la généralisation de l'avis d'arrêt de travail dématérialisé, beaucoup de médecins télétransmettent directement les volets 1 et 2 à l'Assurance maladie. Vérifiez-le : la mention apparaît sur votre compte ameli. Mais attention, la télétransmission ne dispense jamais d'envoyer le volet 3 à l'employeur — ce document-là reste à votre charge. Et si l'arrêt est établi sur papier, depuis le 1er juillet 2025 il doit l'être sur le formulaire Cerfa sécurisé : une photocopie ou un scan n'est pas accepté.
Si vous travaillez loin, garder chez soi une petite réserve d'enveloppes timbrées prêtes à poster évite de sortir fiévreux acheter un timbre un dimanche soir ; c'est trivial, mais c'est exactement ce genre de détail qui fait sauter un délai de 48 heures.
Prévenir son CFA : l'étape la plus souvent oubliée
Le CFA n'est pas informé par la CPAM ni par l'employeur. C'est à vous de le faire, et le plus vite possible. La plupart des règlements intérieurs exigent un appel ou un mail le matin même, puis l'envoi d'un justificatif sous 48 heures.
Pourquoi c'est important :
- les absences non justifiées en CFA peuvent entraîner un avertissement, voire une exclusion en cas de répétition ;
- pour certains diplômes, une assiduité minimale conditionne le droit de se présenter à l'examen ;
- l'employeur reçoit souvent un relevé d'absences transmis par le CFA : une absence non justifiée en formation peut être requalifiée en absence injustifiée au travail, avec retenue sur salaire à la clé.
Serez-vous payé pendant votre arrêt maladie ?
C'est la vraie question. La réponse combine deux étages : les indemnités de la Sécurité sociale, puis, éventuellement, le complément de l'employeur.
Étage 1 : les indemnités journalières de l'Assurance maladie
Pour percevoir des IJ en arrêt de moins de 6 mois, l'Assurance maladie (source : ameli.fr, rubrique « Arrêt de travail pour maladie ») demande, au choix :
- avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois civils (ou 90 jours) précédant l'arrêt ;
- ou avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le Smic horaire au cours des 6 mois précédents.
Un alternant à 35 heures par semaine remplit la première condition en un peu plus d'un mois de contrat. En revanche, un apprenti arrêté dans ses toutes premières semaines peut se retrouver sans droits ouverts — c'est rare, mais cela existe, notamment pour les contrats démarrant en septembre avec un arrêt dès la mi-septembre.
Le montant : l'IJ correspond à 50 % du salaire journalier de base, calculé sur la moyenne des salaires bruts des 3 derniers mois. Depuis le 1er avril 2025, le salaire pris en compte est plafonné à 1,4 fois le SMIC (environ 2 614 € brut par mois depuis la revalorisation du SMIC de juin 2026), soit une IJ maximale de 42,97 € brut par jour : un plafond qui ne concerne pratiquement jamais un apprenti. Sur un salaire d'apprenti, l'ordre de grandeur est vite parlant.
Exemple chiffré (à titre indicatif) : un apprenti de 21 ans en 1ʳᵉ année, rémunéré au minimum légal de 989,52 € brut par mois (53 % du SMIC depuis le 1er juin 2026). Salaire journalier de base ≈ (989,52 × 3) / 91,25 ≈ 32,53 €. IJ ≈ 16,27 € par jour. Pour un arrêt de 10 jours avec 3 jours de carence : 7 × 16,27 ≈ 114 € d'indemnités, contre environ 330 € de salaire pour la même période. La perte sèche, sans complément employeur, dépasse 200 €.
Étage 2 : le complément employeur (loi de mensualisation)
C'est lui qui change tout. L'article L. 1226-1 du Code du travail prévoit qu'un salarié justifiant d'au moins un an d'ancienneté dans l'entreprise perçoit un complément de l'employeur :
- 90 % de la rémunération brute pendant les 30 premiers jours ;
- puis 66,66 % pendant les 30 jours suivants (durées allongées avec l'ancienneté).
Ce complément légal s'applique après un délai de carence de 7 jours (article D. 1226-3) et suppose d'avoir transmis le justificatif dans les 48 heures. Autrement dit, la loi seule protège mal un alternant de 1ʳᵉ année arrêté 3 jours.
Heureusement, beaucoup de conventions collectives sont plus favorables : maintien à 100 %, suppression ou réduction de la carence, ancienneté requise réduite. Les règles varient fortement d'une branche à l'autre. Cherchez le nom de votre convention collective sur votre bulletin de paie (il y figure obligatoirement), puis consultez son texte sur Legifrance.
Et la subrogation ?
Quand l'employeur pratique la subrogation, il continue de vous verser votre salaire (ou la part maintenue) et perçoit directement les IJ à votre place. Vous ne voyez donc rien arriver de la CPAM : tout passe par la paie, aux dates habituelles. C'est la situation la plus confortable — et la plus fréquente dans les grandes entreprises.
Sans subrogation, les IJ vous sont versées tous les 14 jours environ par la CPAM, avec un décalage qui peut créer un trou de trésorerie d'un mois. Pour un alternant qui paie un loyer, c'est la vraie difficulté pratique. Si votre budget est tendu, regardez les dispositifs listés dans notre guide des aides financières et la page prime d'activité en alternance.
Maladie, accident du travail, accident de trajet : des régimes très différents
Beaucoup d'alternants déclarent en « maladie » ce qui relève en réalité de l'accident du travail. L'erreur coûte cher.
| Situation | Carence | Indemnisation Sécurité sociale | Frais médicaux |
|---|---|---|---|
| Maladie non professionnelle | 3 jours | ≈ 50 % du salaire journalier | Remboursement classique |
| Accident du travail | Aucune | 60 % du salaire journalier les 28 premiers jours, puis 80 % | Pris en charge à 100 % (tarif Sécu), sans avance de frais |
| Accident de trajet | Aucune | Même régime que l'accident du travail | Idem |
Point essentiel pour les alternants : le trajet entre le domicile et le lieu de travail est couvert au titre de l'accident de trajet, et un accident survenu entre l'entreprise et le lieu de formation est même un accident du travail (service-public.fr). Une chute à vélo en allant en cours n'est pas une « maladie ».
La déclaration est là aussi encadrée : vous devez informer l'employeur dans les 24 heures (sauf cas de force majeure), et l'employeur dispose de 48 heures (dimanches et jours fériés non compris) pour déclarer l'accident à la CPAM. Il vous remet une feuille d'accident du travail qui permet la dispense d'avance de frais. Si l'accident survient pendant une séance de travaux pratiques au CFA, vous restez salarié de l'entreprise : prévenez immédiatement le CFA et votre employeur pour que l'accident soit déclaré dans les délais.
Le réflexe qui sauve : en cas de chute, de coupure ou de malaise lié au travail ou au trajet, faites-le constater par un médecin le jour même et écrivez à votre employeur par mail (trace écrite) en décrivant les circonstances précises, l'heure et le lieu.
L'INRS rappelle par ailleurs que les jeunes travailleurs sont plus exposés aux accidents du travail que leurs aînés, notamment par manque d'expérience du poste. En atelier, sur chantier ou en cuisine, ne rognez jamais sur les équipements de protection : le port de chaussures de sécurité normées S3 ou de gants de protection anticoupure n'est pas une formalité administrative, c'est ce qui vous évite l'arrêt.
Quelles conséquences sur la formation et l'examen ?
C'est l'angoisse numéro un des arrêts longs : « est-ce que je perds mon année ? »
Arrêt court (quelques jours)
Aucune conséquence sur le diplôme. Vous rattrapez les cours manqués. Demandez les supports à vos camarades dès le premier jour — un simple carnet de notes à spirale ou un scanner de poche pour numériser les polycopiés fait gagner un temps précieux au retour.
Arrêt long (plusieurs semaines ou mois)
Deux mécanismes se déclenchent :
- La durée du contrat n'est pas automatiquement prolongée. Le contrat d'apprentissage se termine à la date prévue, même si vous avez été absent 2 mois. En revanche, l'article L. 6222-11 du Code du travail permet, en cas d'échec à l'examen, une prolongation d'un an maximum (nouveau contrat ou avenant).
- L'assiduité peut être aménagée. Discutez avec le CFA : mise à disposition de supports, sessions de rattrapage, parfois passage en formation à distance sur la période. Les CFA connaissent ces situations et disposent le plus souvent d'un référent handicap ou médico-social capable d'organiser un aménagement.
Après un arrêt d'au moins 60 jours pour maladie ou accident non professionnel (30 jours pour un accident du travail), une visite de reprise auprès du service de prévention et de santé au travail est obligatoire, au plus tard dans les 8 jours suivant le retour. Elle peut déboucher sur des aménagements de poste. Depuis le décret n° 2026-503 du 12 juin 2026, elle n'est plus requise si une visite de préreprise a eu lieu dans les 30 jours précédant la reprise et a conclu qu'aucun aménagement n'était nécessaire. Le sujet est développé dans notre article sur la visite médicale de l'apprenti.
Peut-on être licencié parce qu'on est souvent malade ?
Non, pas au motif de la maladie elle-même : ce serait une discrimination liée à l'état de santé (article L. 1132-1 du Code du travail). Pour un contrat d'apprentissage, la rupture après les 45 premiers jours de formation pratique en entreprise ne peut intervenir que par accord écrit des deux parties, par démission de l'apprenti après saisine du médiateur, ou par licenciement pour force majeure, faute grave, inaptitude constatée par le médecin du travail ou exclusion définitive du CFA. Les modalités sont détaillées dans notre guide sur la rupture du contrat d'apprentissage.
Six réflexes pour ne rien perdre
- Faire constater le jour même. Un arrêt rétroactif est mal vu par la CPAM et parfois refusé.
- Envoyer le volet 3 à l'employeur sous 48 h, même si le médecin a télétransmis les deux autres.
- Prévenir le CFA par mail en plus de l'appel, pour garder une trace.
- Vérifier le nom de la convention collective sur le bulletin de paie et lire l'article « maladie ».
- Respecter les heures de sortie mentionnées sur l'arrêt : un contrôle de la CPAM peut suspendre les IJ.
- Anticiper le trou de trésorerie : sans subrogation, comptez jusqu'à un mois avant le premier virement d'IJ.
Un dernier conseil, valable toute l'année : une bonne partie des arrêts courts en alternance sont des affections hivernales bénignes attrapées dans les transports. Santé publique France rappelle chaque automne l'efficacité des gestes simples — aération, lavage des mains, vaccination pour les personnes à risque. Garder chez soi une trousse de premiers secours compacte et un thermomètre frontal électronique ne remplace pas un médecin, mais permet de décrire précisément ses symptômes lors de la téléconsultation ou de la consultation, et donc d'obtenir le bon arrêt du premier coup.
Enfin, si votre arrêt vous fait perdre du temps sur votre recherche d'entreprise pour l'année suivante, ne paniquez pas : les offres continuent d'être publiées toute l'année. Reprenez tranquillement la recherche d'offres en alternance une fois remis, et vérifiez au passage l'impact réel sur votre paie avec le simulateur de rémunération.